Um legado cultural que atravessa séculos, de notória relevância histórica, etnológica e antropológica.
O Ecossistema Babitonga é um reduto de patrimônio cultural sem igual, com notória relevância histórica, etnológica e antropológica. Antes mesmo dos movimentos colonizatórios, a região já se caracterizava por intensa ocupação humana. Há registro de mais de 200 sítios arqueológicos de diversos povos que viviam na região antes de 1500. Os mais abundantes e conhecidos são os sambaquis, montes de conchas construídos por povos pescadores, caçadores e coletores, sendo os maiores cemitérios destes povos. Os Carijós, da nação Tupi-guarani, viviam na região nos séculos XV e XVI. Historicamente, a pesca surgiu nessa região como uma fonte de subsistência secundária, complementando a atividade agrícola das famílias que ocupavam essas regiões.
A Baía Babitonga também teve um relevante papel na história do Brasil. Desde o início do processo de colonização do país, a baía já era utilizada por embarcações devido à sua excelente condição geográfica, o que contribuiu para a descoberta da Ilha de São Francisco do Sul em 1504. No século XIX os primeiros imigrantes alemães chegaram para colonizar as terras que antes eram do Príncipe de Joinville e sua esposa, filha de D. Pedro I. Durante a Segunda Guerra Mundial, a Ilha da Rita teve grande importância estratégica, servindo como base naval para o abastecimento de água potável, carvão e óleo aos navios.
Esses vestígios de históricos estão presentes em diferentes espaços do Ecossistema Babitonga. A partilha desse espaço social por diferentes atores em diferentes momentos faz com que as paisagens da região componham a memória coletiva de suas comunidades, um patrimônio comum de recordações, espaço de obras do homem e da natureza.