A Babitonga é a única baía que abriga uma população residente de toninhas, e é sem dúvida o local mais propício para observar esta espécie no mundo.
As toninhas, assim como os botos-cinza, vivem na região ao longo de todo o ano, utilizando a área para a alimentação e a criação de seus filhotes. Além disso, muitas aves podem ser observadas pescando, pousadas nas rochas, bancos de areia e manguezais. Este roteiro tem como foco a região central da Babitonga, onde estão algumas de suas belas ilhas, onde está concentrada a maior parte dessa fauna marinha.