A Baía Babitonga abriga uma grande diversidade de aves, com mais de 70 espécies utilizando suas águas. Algumas aves se reúnem para reproduzir formando os ninhais, que podem ser vistos de agosto a dezembro, sendo o maior deles o ninhal da Ilha Jarivatuba.
Pelo menos oito espécies reproduzem neste local e a visita é um grande espetáculo de cores e sons, com destaque para o guará, uma garça vermelha. As aves já podem ser vistas durante o trajeto ao local, assim como os manguezais, que são os berçários da vida marinha. Outros dois ninhais também podem ser observados na região central da baía, sendo um na Ilha do Maracujá e um na Ilha do Alvarenga.
